Mutacje linii komórkowej w genach predyspozycji w raku u dzieci cd

Te 60 genów zostało wybranych ze względu na potencjalny wpływ mutacji w linii płciowej na praktykę kliniczną, w tym unikanie radioterapii, wybór chirurgicznego podejścia do resekcji guza, testowanie dawcy i wybór do hematopoetycznego przeszczepu komórek macierzystych, możliwe lub udowodnione korzyści nadzoru guza i wczesne wykrywanie raka i chirurgia redukująca ryzyko.3 Warianty wykryte w tych 60 genach zostały potwierdzone eksperymentalnie przez niezależny test sekwencjonowania (Dodatek 1). Druga kategoria obejmowała 29 genów związanych z syndromami predysponującymi do autosomalnego recesywnego raka, z naciskiem na identyfikację biallelicznych patogennych mutacji. Warianty wykryte w 89 genach, które zostały powiązane z autosomalnymi dominującymi lub autosomalnymi recesywnymi zespołami predysponującymi do raka, zostały poddane przeglądowi przez multidyscyplinarny panel do klasyfikacji i raportowania.5-8
Dodatkowe 476 genów zostało wybranych do oceny na podstawie ich nawracającej mutacji somatycznej w nowotworach (http://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/census i www.pediatriccancergenomeproject.org/site). Geny te podzielono na trzy kategorie: geny supresorowe nowotworów (58 genów), 9 genów kinazy tyrozynowej (23) i inne geny nowotworowe (395). Nasze analizy genów w tych trzech kategoriach skupiły się na znanych mutacjach aktywujących hotspot w genach kodujących kinazy i mutacjach skróconych w genach kodujących białka supresorowe nowotworów oraz w innych genach nowotworowych.
Analiza danych
Dane dotyczące sekwencjonowania analizowano pod kątem obecności wariantów jedno nukleotydowych oraz małych insercji i delecji10 oraz dowodów mozaikowatości linii płciowej (Dodatek 1). Zróżnicowane odmiany liczby kopii i zmiany strukturalne zostały zidentyfikowane przy użyciu segmentacji numeru kopii według drzewa regresji w sekwencjonowaniu następnej generacji (CONSERTING) 11 i algorytmów Clipping Reveals Structure (CREST). Typowe zmiany strukturalne linii płciowej i zmiany strukturalne, które nie wpływały na egzon kodujący, zostały wyłączone z analizy.
Niekonwencjonalne warianty kodujące, które przeszły kontrolę jakości i kontroli populacyjnych mniejszych alleli, zostały sklasyfikowane jako patogenne, prawdopodobnie patogenne, o niepewnym znaczeniu, prawdopodobnie łagodne lub łagodne. Kryteria klasyfikacyjne obejmowały informacje ze wskazanych baz danych, obliczeniowe prognozy wpływu mutacyjnego na funkcję białka oraz najnowsze wytyczne ACMG dotyczące interpretacji.13 Pełne szczegóły analizy i interpretacji danych przedstawiono na rysunku S1 w Dodatkowym dodatku 1.
Wyniki
Charakterystyka pacjentów
W grupie PCGP było 588 dzieci i młodzieży z białaczką (52,5%), 245 z guzami ośrodkowego układu nerwowego (CNS) (21,9%) i 287 z guzami litymi innymi niż OUN (25,6%) (ryc. i tabela S1 w uzupełnieniu) Załącznik 1). Mediana wieku pacjentów wynosiła 6,9 lat (zakres od 8 dni do 19,7 lat). Nowotwory, które wybrano do sekwencjonowania, obejmowały te, które były związane ze słabym wynikiem klinicznym (np. Białaczka hipodiploidalna) 14 oraz te, które nie miały jasno określonej przyczyny onkogennej (np. Rozproszony wewnętrzny glejak pontinowy) .15 Nasza kohorta obejmowała więcej pacjentów z białaczką i guzy nadnercza niż oczekiwano na podstawie populacji w programie nadzoru, epidemiologii i wyników końcowych (SEER) (http://seer.cancer.gov/iccc) (rysunek 1)
[podobne: terapeuta uzależnień warszawa, choroba mondora, fizjoterapia po mastektomii ]

Powiązane tematy z artykułem: choroba mondora fizjoterapia po mastektomii terapeuta uzależnień warszawa