Mutacje linii komórkowej w genach predyspozycji w raku u dzieci ad

Panel B pokazuje rozkład typów nowotworów analizowanych w projekcie Genom Pediatrycznego Raka (PCGP). ACT oznacza guz kory nadnerczy, ośrodkowy układ nerwowy OUN i mięsaka tkanki miękkiej STS. 1120 pacjentów uwzględnionych w tym badaniu reprezentowało główne podtypy raka u dzieci (rysunek oraz tabela S1 w dodatkowym dodatku 1, dostępna w pełnym tekście niniejszego artykułu). Dane dotyczące sekwencjonowania całego genomu, całego egzema lub obu typów zostały wygenerowane przy użyciu DNA linii płciowej odpowiednio dla 595, 456 i 69 pacjentów, jako część projektu genomu nowotworu pediatrycznego St. Jude a-Washingtona (PCGP; www.ebi.ac.uk/ega/search/site/PCGP). Aby zweryfikować przewidywania dotyczące nieprawidłowego splicingu powodowanego przez warianty wpływające na połączenia splicingowe, zsekwencjonowaliśmy transkrypty RNA wyekstrahowane z 522 próbek tkanki nowotworowej uzyskanych od 522 pacjentów. Badanie zostało zatwierdzone przez komisję ds. Przeglądu instytucjonalnego w St. Jude Children s Research Hospital. Pisemną świadomą zgodę zapewnił rodzic lub opiekun każdego dziecka lub pacjent, który ukończył 18 lat.
Analizowano dane z sekwencjonowania całego egzaminu z dwóch kontrolnych kohort osób bez znanego raka. Pierwszy zestaw danych, surowy zestaw danych sekwencjonowania całego egzosu z 966 niespokrewnionych dorosłych, którzy byli częścią projektu 1000 genomów (http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/phase3), był analizowany przez to samo podejście, które było stosowane w naszej pediatrycznej grupie nowotworowej. Drugi zestaw danych składał się z plików genotypu 515 osób z autyzmem i 208 osób bez autyzmu (mediana wieku, 6 lat, zakres od do 37) z National Database for Autism Research (https://ndar.nih.gov/study .html. id = 307). Analizy tego drugiego zestawu danych nie obejmowały wykrycia wariantowego ze względu na brak dostępu do surowych danych dotyczących sekwencji, i wykluczyliśmy dwa geny predyspozycji nowotworów, NF1 i PTEN, o których wiadomo, że są powiązane z fenotypem widma autyzmu (Dodatek Dodatek ).
Geny predyspozycji nowotworu wybrane do analizy
Rysunek 2. Rysunek 2. Kategorie 565 genów nowotworów analizowanych pod kątem mutacji linii komórkowej. Liczba genów w każdej kategorii pokazana jest w nawiasach. Geny, które mają nakładające się kategorie, są wymienione tylko raz. Nazwy genów w innych kategoriach pokazano na rysunku S9 w Dodatku Dodatek 1. RASopatie są zespołami genetycznymi, które obejmują zespół kardiowato-skórny, zespół Costello a (zwany także zespołem faciocutaneoskeletal), zespół Noonana i zespół wielu lentigin.
W sumie 565 genów zostało wybranych do analizy na podstawie przeglądu listy genetyki American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) i literatury medycznej 1-4. Zostały one podzielone na pięć nienakładających się kategorii (Rysunek 2 i Tabela S3 w Dodatku Dodatek i tabela S2 w dodatkowym dodatku 2, dostępne w). Pierwsza kategoria obejmowała geny związane z autosomalnymi dominującymi zespołami predysponującymi do raka i składała się z 49 klasycznych genów (w tym 23 genów z listy 5 ACMG) i 11 genów, które były zamieszane w zespoły genetyczne związane z mutacjami RAS (czasami zwane RASopatiami, takie jak zespół kardiowato-skórny, zespół Costello a (zwany także zespołem faciocutaneoskeletal), zespół Noonana i zespół wielu lentigin)
[więcej w: głęboka dysleksja rozwojowa, trening umiejętności społecznych dla dzieci z autyzmem, endometrioza wikipedia ]

Powiązane tematy z artykułem: endometrioza wikipedia głęboka dysleksja rozwojowa trening umiejętności społecznych dla dzieci z autyzmem